Atas anugerah Tuhan pada tanggal 27 Juni 2011 Gereja Kupang Baru mulai beribadah, menggunakan ruko di Narisha Beauty Clinic dihadiri sekitar 100 jemaat. Gereja Kupang Baru tergabung dalam organisasi Sinode Gereja Bethel Indonesia dipimpin oleh Pdt. Frans Homalessy, SP.An, M.A dan Pdt. Rita Jauwalata, S.Th.

Dalam penyertaan Tuhan pada tahun 2023 tepatnya tanggal 27 Juni, maka mulai digunakan tempat ibadah yang baru, bertempat di Jl. Perintis Kemerdekaan I No. 11 Kec. Oebobo, Kota Kupang. Gedung baru dapat menampung sampai 800 jiwa dan memiliki ruangan untuk Sekolah Minggu, Ibadah Pemuda juga dilengkapi dengan ruangan kantor staf sekretariatan.

Sebagai gereja yang terpanggil untuk menjadi terang dan garam di tengah dunia maka Gereja Kupang Baru terus membina jiwa-jiwa yang Tuhan percayakan untuk bertumbuh dalam pengenalan yang benar akan Tuhan. Implementasi pelayanan gereja di jabarkan dalam program-program pelayanan seperti ibadah raya, ibadah kategorial, baptisan, pernikahan kudus dan berbagai program lainnya.

Gereja Kupang Baru terbuka dan menerima semua orang yang ingin beribadah kepada Tuhan dan bergabung dalam komunitas untuk bertumbuh secara rohani. Dengan harapan setiap orang yang datang bertemu dengan Tuhan secara pribadi dan mengalami pertumbuhan dan perubahan menjadi pribadi yang lebih baik dan berdampak.